Кафедра госпитальной хирургии была образована в 2006 г. (приказ ректора № 204 от 4 мая 2006 г.) в связи с объединением кафедры хирургии № 2 и кафедры хирургии № 3.
Заведующим кафедрой был назначен доктор медицинских наук, профессор Хитрихеев В.Е., с 2014 по 2018 годы кафедрой заведовал доктор медицинских наук, доцент Саганов В.П.
На кафедре работали заслуженные врачи-клиницисты, что способствовало достижению высокого качества обучения. Свои знания и практический опыт передавали будущим врачам такие преподаватели, как: Цыбиков Е.Н., д.м.н., заслуженный врач Бурятской АССР, заслуженный врач РСФСР, народный врач Бурятии; Гунзынов Г.Д., д.м.н., народный врач Республики Бурятии, заслуженный врач Российской Федерации; Быков А.Д., д.м.н., заслуженный врач Бурятской АССР, заслуженный врач Российской Федерации; Дулганов К.П., к.м.н., доцент, заслуженный врач Бурятской АССР, заслуженный врач Российской Федерации; Рябов М.П., к.м.н., доцент, народный врач Бурятии, заслуженный врач Российской Федерации и другие. Жигаев Г.Ф., д.м.н., профессор, заслуженный врач Республики Бурятия, заслуженный деятель науки Российской Федерации, работает на кафедре в настоящее время.
В рамках программы академической мобильности для чтения лекций студентам старших курсов по актуальным проблемам хирургии неоднократно приглашался член-корреспондент РАН, д.м.н., профессор Дамбаев Г.Ц.
На кафедре проходили обучение клинические интерны по специальности «Хирургия» и клинические ординаторы по специальностям «Хирургия», «Эндоскопия», «Анестезиология-реаниматология». Теоретические и практические занятия у них проводили д.м.н., профессор Жигаев Г.Ф., Цыбиков Е.Н., д.м.н. Гунзынов Г.Д., д.м.н., профессор Хитрихеев В.Е., д.м.н. Цыбиков Е.Н., д.м.н. Гунзынов Г.Д., д.м.н., доцент Саганов В.П., д.м.н., доцент Миткинов О.Э.
Научно-исследовательская работа на кафедре активно выполнялась всеми преподавателями. В клиническую практику были внедрены оригинальные методы диагностики стерильного и инфицированного панкреонекроза, разработаны алгоритмы лечения острого панкреатита. Проводились научные исследования по совершенствованию диагностики и лечения заболеваний гепатопанкреатодуоденальной зоны, оперативному лечению грыж пищеводного отверстия диафрагмы, распространенного гнойного перитонита и др. Были разработаны и внедрены в клиническую практику методы хирургического лечения очаговых образований печени с использованием сверхэластичных биосовместимых материалов с памятью формы. Были проведены исследования по разработке эффективных лекарственных средств, обладающих ранозаживляющими свойствами, по применению биомедицинских технологий в клинической практике. Были разработаны методы стартовой респираторной поддержки у недоношенных новорожденных детей. Кафедра неоднократно организовывала и проводила научно-практические конференции регионального и международного уровня с приглашением ведущих ученых.
На кафедре уделялось большое внимание на развитие студенческой науки. Студенты с научными докладами успешно выступали на конференциях, проводимых в Москве, Санкт-Петербурге, Иркутске, Чите, Казани, Екатеринбурге, Ставрополе, Красноярске и др., неоднократно занимали призовые места.
Кафедра успешно сотрудничает с хирургическими кафедрами Иркутского государственного медицинского университета, Сибирского государственного медицинского университета, Читинской государственной медицинской академии и с зарубежными партнерами – «Монгольский национальный университет медицинских наук» (МНР), Монгольский медицинский институт «Новая Медицина» (МНР), «Больницей Халлимского университета» (Южная Корея).